慢性胃食管反流的一个常见和潜在的严重后果是食管原有鳞状上皮被化生的柱状上皮增殖所替代，这一状况被称为Barrett食管。这种化生上皮可能进展至腺癌，过去30年中，这种肿瘤的发病率在发达国家特别在男性中有非常显著增加。
　　早期研究显示，Barrett食管与腺癌中度相关。近来一篇广为发行的研究报道显示，每周有1次以上烧心、反流或两种症状的胃食管返流病（GERD）病人，其发生食管腺癌的危险性增加7.7倍。这一研究同时显示，症状严重程度和频度增加、病程超过20年病人发生食管腺癌的危险性增加至43.5倍。这些资料加重了GERD发生癌危险性的忧虑。Barrett食管发生癌被认为是始于胃食管反流。酸损伤鳞状上皮而导致鳞状上皮再生性愈合或被化生上皮所取代。酸反流除这些结果外，其它作用尚不清楚。然而关于反流在癌发生中的已知作用提示，为了预防严重的临床后果，胃食管反流应该被视为潜在的病因和尽可能早的积极治疗。
　　Barrett食管发生癌的危险性随食管柱状上皮的范围而异。短段Barrett食管的定义是食管柱状上皮长度小于3cm。传统Barrett食管的定义是长度等于3cm。从Barrett食管进展为癌的危险性在235例有化生的病人中进行了前瞻性评估。这一研究结果提示，癌的发生率随化生范围的增加而上升，但各组间癌发生率差异未达统计学显著性。在缺乏更明确研究的情况下，短段或长段Barrett食管应作同样处理。
　　Barrett食管病人发生食管癌的估计危险性为约1%。 然而，近来的证据提示，与Barrett食管相关的癌发生危险性由于文章发表的偏倚而估计过高。
　　流行病学资料表明，Barrett食管病人中真正的癌发生率远没有过去认为的这么高，接近0.4%, 而不是过去报道的1%-2%。如果这一数据正确，将影响Barrett食管的临床处理。计算机模型显示，癌发生危险性大于1%需要每年一次内镜检查监测；0.5%的危险性需要每4-5年一次内镜监测；而低于0.2%的危险性则无必要进行内镜监测。
　　过高的癌危险性评估也可能被Barrett食管的患病率所反映，患病率大约是发病率的10倍。因此多数有Barrett化生发生癌的病人第一次就发现有这两种病变，从而可产生感觉上的强力相关的潜在偏倚。
　　基于年癌发生危险性0.5%和筛查可减少50%危险性的假设，Barrett食管病人中检测和理论上预防癌需要治疗的数量(NNT)为400。为了取得临床效果，在Barrett食管病人中的这种治疗应该是方便、低费用和低危险性的。
　　不典型增生是组织学诊断，可分成低度和高度。对低度不典型增生很少有前瞻性研究资料，对组织病理学解释，存在显著主观性。有高度不典型增生的Barrett食管病人发生癌的危险性显著增加。一项76例高度不典型增生的病人5年累计癌发生率为59%；另一75例病人研究7.3年的癌发生率为16%，这一研究对高度不典型增生的诊断缺乏外部验证；Mayo 临床中心的研究发现介于中间的5年累计癌发生率32%。这些研究中癌发生率有显著的差异。
　　历史上，食管不典型增生的治疗与GERD相同。如同本文前面部分所示，症状控制- 一项差预测反流控制的指标，被作为临床研究最常用的终结点。结果，这些研究对照不足，以致难以评估酸控制对Barrett食管进展的影响。然而，近来的一项研究显示，食管中的胃酸正常化可减轻Barrett食管的细胞增殖。令人感兴趣的是这一研究显示，尽管症状得到改善，但PPI并不保证可达到降低增殖的pH正常化。酸控制需要达到什么程度和维持多长时间的问题仍有待于大样本临床研究结果。
　　Barrett食管发生癌的估计危险性仍有争议，虽已清楚，危险性比以往认为的要低，在Barrett食管病人中死于食管癌的并不常见。此外，尚无治疗被显示可预防癌。部分病人和内科医师的期望可能导致多数病人的不必要内镜检查。全科医师和专科医师需要意识到这些病人有相对低的腺癌危险性。应该努力告知非专业和专业人员，GERD 并不必然导致癌。
　　Barrett食管病人的处理指南已重新修改，反映了这些病人中较低的估计危险性。需要注意的是，尚无经过验证的可延长病人生存或提高生活质量的Barrett食管处理策略。
　　抗反流手术通过将胃底缠绕食管而恢复括约肌功能，这种手术被称为胃底折叠术。熟练的医师执行这一手术，将恢复下食管括约肌，减少反流，愈合消化性食管炎，并有可能使消化性狭窄逆转。手术对降低与Barrett食管相关癌的作用仍有争议。胃底折叠术可预防癌的机制被认为是通过阻止酸反流入远端食管，这也是内科治疗的目的。在Barrett食管发生过程中，酸和胆盐可能起协同作用，潜在诱导癌变(表3)。虽然长期酸暴露增加Barrett食管上皮分化，但间断酸和胆盐暴露增加增殖而不改变分化。远端食管酸正常化降低增殖，增加分化。
　　与提示胃底折叠术起保护作用相反，一些研究提示，手术可能未能预防腺癌。例如手术后食管上皮增殖并未改变；抗反流手术后，作为增殖机制的细胞凋亡抑制也未改变；虽然胆盐和酸可能促进增殖，但胆盐对增殖的影响可被酸阻断。确实，在一项胃切除后病人的研究中，无酸的胆盐反流并不增加短段或长段Barrett食管。
　　遗憾的是，胃底折叠术预防Barrett食管癌变的作用还未得到研究。Mayo临床中心对113例接受抗反流手术的病人进行的一项研究，平均随访时间为6.5年，食管癌的发生率与未接受手术人群相同。这一研究对象的选择为非随机性，也没有对照组。值得注意的是，手术有很高的病残率(36%)和死亡率(0.9%)。